永历入粤西

大清平定长沙，衡州也相继全部失守；总兵黄朝选、杨国栋等被捉拿，尸体几乎阻塞了江流。八月二十四日，武岗又败退；永历帝又辗转迁徙进入粤地，驻留在柳州。式耜多次上疏，极力进言不可再移动一步：『滇、黔两地荒凉偏远，忠义之心涣散；三百年留下的土地仅存粤西一线，况且山川形势、兵马粮草都有可依靠之处』。当时督师何腾蛟、新辅严起恒以及刘湘客都到了桂地，南安侯郝永忠率兵突然到来，宜章伯卢鼎也从楚地来到；式耜又上疏，极力进言『柳州瑶族、壮族杂居，土地贫瘠百姓贫穷，不可长久驻留；庆远府地邻黔、粤，南宁府靠近交趾夷地，不可远迁』。

当时腾蛟与永忠、鼎、涟等都分兵防守各自防区。适逢土司覃裕春的儿子鸣坷与道臣龙文明交战，永历帝又移驻象州。式耜与腾蛟、起恒、湘客等谋划调和主客军队，聚集永忠、琏在神前誓师，约定日期出兵。鼎与滇镇总兵赵印选于是各自分路驻守全州，全州战胜后诸帅连营驻扎；大清兵因此驻扎在楚地。

十一月，永历帝从象州抵达桂地，式耜与严起恒一同为辅政大臣。司礼太监庞天寿请求催兵前往梧州，久在粤地的旧司礼太监王坤被承胤驱逐后又从武岗返回；到柳州、到象州，各种诏令都由金吾吉翔处理。式耜上疏请求永历帝掌握大权、严明赏罚、严格好恶、亲近正直之人、听取正确言论，恩威并用，以使远近归服。当时人称名言。

「粤事记」说：『八月二十四日下午，大清兵忽然到达武岗州南面，守城的军队都在城北，仓促间来不及抵抗，一战即败；全城上下砍开北关，丢弃饭食逃走。除了皇帝车驾和三宫，没有人不赤脚逃跑的。皇子才满两个月，竟被抛弃在泥地沙土中；中宫嫡妹年已十五岁，与母亲同乘一辆车出城，都迷路失踪无寻。阁臣吴炳整好衣冠向北拜别君主父母，奉皇帝诰命后自缢身亡。永历帝担心乱兵从全州、灌阳沿大路直取桂林，于是与臣子们从小路踉跄逃到庆远府。只找到两条小船，三宫同载；沿途逗留，走走停停。到十一月十五日，才抵达象州。打算进南宁府作为长久躲避之计，又被新兴伯焦琏的乱兵所阻。随从的文武官员都用青布裹头，手脚磨出老茧，面无生气，几乎都要散去。马吉翔在皇帝船边左右效力，极力挽留众人；于是分派王化澄、吴贞毓、庞天寿护送三宫前往南宁，永历帝仍逆十八滩水流北上。十二月初三日，再次到达桂林，得以苟延残喘；君臣都关门躲兵。人们没有固定住处，街上没有独行的人，柴米、各种物价暴涨五倍。军丁占据商铺，贸易没有好脸色；众人都感觉度日如年』。

天子流离失所，儿子被抛弃在泥沙中，亲眷不能保全，也可悲啊！吴公自缢，是「主上受辱臣子该死」的道义。庆远、南宁二府属广西，灌阳属桂林府。