瞿式耜复守桂林

当永历帝夜间出行时，士兵大肆掠夺蹂躏，公署和职官无一幸免；瞿式耜被逼登上船。黎明时，刑部侍郎刘远生、给事中丁时魁、万六吉以及刘湘客都到了；原来刘湘客奉命安抚叛乱逃亡者及劝募军粮，而刘远生、丁时魁是因为被召见将领而进入。他们在樟木港遇到瞿式耜；瞿式耜召集刘远生等人进入民房，立即起草檄文，分路四处发送。暂时驻扎在阳朔，催焦琏率军上援。楚镇周金汤、熊兆佐也进入桂林，又传檄翰林检讨蔡之俊、大理寺评事朱盛氵隷先入桂林宣布瞿式耜的命令，传檄按察司佥事邵之骅统领焦琏的军队，安定人心。瞿式耜在初一日重新进入桂林官署，督师何腾蛟从永宁到达、滇镇胡一青率兵到达、焦琏从平乐率兵到达。大清兵怀疑桂林城空虚，直抵北门。三月二十二日，何腾蛟督率军队三面抵御；大清兵渡过甘棠离去，督师在榕江扎营。永历帝下诏表彰瞿式耜银、币，又赐予“精忠贯日”金图书一枚。瞿式耜考虑到南宁是蛮乡不可久居，每天为永历帝清理道路。

前些日子所担忧的内部问题，现在更在外部；督率勋镇将士直取全州，保住巡抚鲁可藻退守梧州。适逢东边有反叛归附的消息，命令鲁可藻整顿军队以待。适逢鲁可藻自己署理“两广”（旧例：东抚称制兼管粤西，西抚称抚）；瞿式耜说：“当今武人多自署抚军；我代他上疏请衔，有什么不可以？”周鼎瀚以阁部身份擅自假借，瞿式耜也上疏纠正他。当武冈之乱时，言官弹劾周鼎瀚因为依附刘承胤而入直内阁；瞿式耜掌管票拟，说：“难道没听说过王沂公说：‘进贤才、退不肖，都有体制’？周鼎瀚是大臣，应听由自己谢罪免职，不谢罪免职而又擅自假借，恐怕不可以吧！”陈邦傅号称“粤西世守”，文书四处飞送；瞿式耜上疏驳斥：“今日功劳晋升五等爵位，尚未裂土封地。天下土地被剥削，只有粤西一角作为驻跸之地；楚、滇数万军队每天需要粮食。就说‘世守’，难道是老成忧国之人所能预料？”瞿式耜虽然身在朝廷之外，对朝廷的大政纲纪极力进言请求；上疏说：“臣与陛下患难相随、休戚与共，原本不同于诸臣；一切大政，自然得以参与询问。朝廷议论可否，众望所归。根本已乱而求末节治理，没有这样的事！”