申时行等

申时行（子用懋、用嘉，孙绍芳），王锡爵（弟鼎爵，子衡），沈一贯，方从哲，沈氵隺（弟演）。

申时行，字汝默，长洲人。嘉靖四十一年进士第一。被任命为修撰。历任左庶子，掌管翰林院事务。万历五年，由礼部右侍郎改任吏部侍郎。申时行因文章得到张居正赏识，含蓄而不标新立异，张居正对他感到安心。六年三月，张居正准备回乡安葬父亲，请求增补内阁大臣，于是申时行以左侍郎兼东阁大学士身份入阁参与机要事务。不久，升任礼部尚书兼文渊阁大学士，逐步升为少傅兼太子太傅、吏部尚书、建极殿大学士。张居正长期擅权，控制下属如同捆扎湿物一样严苛，与自己意见不合的人大多被驱逐。等到张居正去世，张四维、申时行相继执政，力求宽大。依次召回老成持重之人，安排到各个职位，朝中舆论大多称赞他们。但此时内阁权力积重难返，六部长官大多顺从内阁大臣的意旨。各位大臣由张四维、申时行提拔，喜欢他们的宽厚，多与他们关系亲密。张四维因担忧回乡，申时行成为首辅。余有丁、许国、王锡爵、王家屏先后同在政府，没有猜忌。而谏官被张居正压制，到此时才得以舒展。因为张居正一向亲近申时行，谏官不能没有讽刺。申时行表面显示宽大能容人，内心其实并不喜欢。皇帝虽然喜欢谏官揭发张居正的短处，但很厌恶别人议论时事，议论时事的人偶尔被贬官。众人因此责怪申时行，口头上相互诋毁。各位大臣又都偏袒申时行来堵住谏官的口，谏官更加愤怒，申时行因此声望受损。

十二年三月，御史张文熙曾进言前阁臣专横恣意的四件事，请皇帝永远禁革。申时行上疏争辩说：“张文熙说部院各衙门不应设置考成簿，送内阁察考；吏、兵二部的任命，不应一一由内阁裁夺；督抚巡按行事，不应秘密上揭帖请教；内阁的票拟，应当让同僚知道。如果阁臣不称职，应当罢黜，但如果将他们所有的职权都削除，这是因噎废食。至于票拟，没有不与同僚商议的。”皇帝深以为然，驳回张文熙的建议不用。御史丁此吕说侍郎高启愚用试题劝进张居正，皇帝亲自写疏给申时行看。申时行说：“丁此吕用暧昧之事陷人于死罪，恐怕谗言会接踵而来，不是清明之朝应该有的。”尚书杨巍于是请求将丁此吕调出京城，皇帝听从了杨巍的话。而给事中、御史王士性、李植等交相上章弹劾杨巍阿附申时行的意图，闭塞言路。皇帝不久也后悔了，命令罢免高启愚，留用丁此吕。申时行、杨巍请求离职。余有丁、许国说：“大臣是国家的体面所系，现在因众人之言留用丁此吕，恐怕无法安抚申时行、杨巍的心。”许国尤其愤愤不平，专门上疏请求离职，诋毁各位谏官。副都御史石星、侍郎陆光祖也为此进言。皇帝于是听从杨巍，将丁此吕调出京城，安抚挽留申时行、许国，而谏官群起攻击许国。申时行请求酌情处罚进言的人，进言的人更加心怀怨恨。随后李植、江东之用大峪山寿宫之事动摇申时行未能成功，被贬官离去，内阁大臣与谏官日益水火不容。

当初，御史魏允贞、郎中李三才因科场事牵连到申时行的儿子用懋，被贬官。给事中邹元标弹劾罢免了申时行的姻亲徐学谟，申时行借别的奏疏将他驱逐离去。后来观察人心，逐渐提拔了这三个人，三人得以不被废弃。世人因此称赞申时行是长者。申时行想收揽人心，废除了张居正时所行的考成法；一切从简，也多次进谏。曾因灾异，极力陈说催科急迫、征派增加、刑狱繁多、用度奢侈的害处。又曾请求停止抚按官助工的赃罚银，请求减少织造的数量，催促下发各司的奏章。依据尚宝卿徐贞明的建议，请求开垦京畿内的水田。任用邓子龙、刘綎平定陇川，推荐郑洛为经略，催促顺义王东归，搁置叶梦熊的奏议以消除杨应龙的变乱。但此时天下太平，上下安乐，法纪逐渐废弛。申时行致力于顺从皇帝的意旨，不能大有作为。皇帝每到讲期，很多次传旨免讲。申时行请求即使免讲，仍进呈讲章。从此成为惯例，讲筵于是永远罢停。评事雒于仁进献《酒色财气四箴》，皇帝大怒，召见申时行等人逐条分析，准备重重处罚。申时行请求不要下发他的奏章，并暗示雒于仁自己引退，雒于仁因此得以免罪。但奏章留中不发从此开始。

十四年正月，光宗五岁，而郑贵妃得宠，生下皇三子常洵，颇有夺嫡的意图。申时行率领同僚再次请求确立太子，皇帝不听。廷臣因贵妃的缘故，多指责后宫，触怒皇帝，受到严厉谴责。皇帝曾下诏求直言。郎官刘复初、李懋桧等明显侵犯贵妃。申时行请求皇帝下诏，令各部官员建言只限于所掌管的事务，听凭其长官选择进献，不得直接上达。皇帝很高兴，众人大多责备申时行。申时行连续请求确立太子。十八年，皇帝召见皇长子、皇三子，令申时行入毓德宫觐见。申时行叩拜祝贺，请求尽快决定大计。皇帝犹豫了很久，下诏说：“朕不喜欢激烈喧闹。近来诸臣奏章一概留中，厌恶他们离间朕父子。如果明年廷臣不再渎扰，当在后年册立，否则等皇长子十五岁时举行。”申时行于是告诫廷臣不要激烈干扰。明年八月，工部主事张有德请求准备册立礼仪细则。皇帝发怒，命令延期一年。而内阁中也有奏疏呈入。申时行正在休假，次辅许国首先列出申时行的名字。申时行秘密上封事，说：“臣正在休假，起初并不预知。册立之事，圣意已定。张有德不谙大计，请皇上亲自裁断，不要因小臣妨碍大典。”于是给事中罗大纮弹劾申时行，说他表面上附和群臣的请求以请立太子，而暗中延缓此事以交结内廷。中书黄正宾又论申时行排挤陷害同僚，巧妙逃避首倡此事之罪。两人都被贬斥责罚。御史邹德泳上疏再次弹劾，申时行力求罢免。皇帝下诏让他乘驿马回乡。回乡三年后，光宗才开始出阁讲学，十年后才被立为皇太子。

四十二年，申时行八十岁，皇帝派行人慰问。诏书到时，申时行去世。先前因云南岳凤被平定，加封少师兼太子太师、中极殿大学士，下诏追赠太师，谥文定。

子用懋、用嘉。用懋，字敬中，考中进士。累官兵部职方郎中。神宗提拔为太仆少卿，仍掌管职方事务。再升右佥都御史，巡抚顺天。崇祯初年，历任兵部左、右侍郎，任尚书，退休回乡。去世后，追赠太子太保。用嘉，举人。历任广西参政。孙绍芳，进士，户部左侍郎。王锡爵，字元驭，太仓人。嘉靖四十一年考中会试第一，廷试第二，被任命为编修。累升至祭酒。万历五年，以詹事身份掌管翰林院。张居正夺情，准备廷杖吴中行、赵用贤等人。王锡爵邀请同馆十余人到张居正处请求解救，张居正不接受。王锡爵独自到张居正丧次，恳切直言，张居正径直入内不顾。吴中行等人受杖后，王锡爵抱着他们大哭。第二年，升任礼部右侍郎。张居正刚回乡治丧，九卿紧急请求召他回朝，唯独王锡爵不署名。不久请求省亲离去。张居正因王锡爵暴露自己的短处，更加怨恨他，王锡爵于是不出仕。十二年冬，在家被任命为礼部尚书兼文渊阁大学士，参预机务。还朝后，请求禁止谄谀、抑制奔竞、戒除虚浮、节俭侈靡、驳斥异论、精简工程。皇帝都褒奖采纳。

当初，李植、江东之与大臣申时行、杨巍等人相互构陷，因王锡爵负有当时声望，且与张居正不合，极力推举他。等到王锡爵到京，与申时行联合，反而上疏极力排挤李植等人，李植等于是离去。当时申时行为首辅，许国次之，三人都是南畿人，而王锡爵与申时行同科会试，且同郡，在政府相处融洽。但申时行柔和，而王锡爵性格刚强好胜。十六年，其子王衡考中顺天乡试第一，郎官高桂、饶伸议论此事。王锡爵接连上章辩白攻击，言辞过于愤怒，饶伸因此被下诏狱除名，高桂被贬到边地。御史乔璧星请求皇帝告诫王锡爵，务必扩大气量，做宽容有度量的大臣，王锡爵上疏辩解。因此逐渐与朝廷舆论相悖。

当时群臣请求立储的人很多，皇帝都不听。十八年，王锡爵上疏请求预教长子，录用谏官姜应麟等人，并请求宽恕原巡抚李材，未得答复。曾因旱灾，自己陈述请求罢免。皇帝下优诏挽留他。火落赤、真相进犯西部边疆，议论者争相请求用兵，王锡爵主张和议，与申时行一致。不久，与同僚争论册立不成，闭门乞求回乡。随即因母亲年老，接连请求回乡省亲。于是赐给路费，派官护送。回乡两年，申时行、许国及王家屏相继离职，有诏催促召王锡爵回京。二十一年正月，还朝，于是成为首辅。

先前有旨，这年春天举行册立大典，告诫廷臣不要渎扰陈请。廷臣鉴于张有德之事，都默不作声。到此时，王锡爵密请皇帝决断大计。皇帝派内侍把手诏给王锡爵看，想要等有嫡子，让长子与两个弟弟暂且都封为王。王锡爵害怕违背皇帝意旨，立即奉诏拟写谕旨。但又考虑外间公论，于是说“汉明帝马后、唐明皇王后、宋真宗刘后都收养诸妃之子为子，请求让皇后抚养长子，那么长子就是嫡子，而生母不必尊崇位号以压过皇贵妃”，也拟写谕旨进呈。同僚赵志皋、张位都不预知。皇帝竟将前一道谕旨下给礼官，令即准备礼仪。于是整个朝廷大哗。给事中史孟麟、礼部尚书罗万化等人，一起到王锡爵宅第，据理力争。廷臣进谏的，奏章每天数份。王锡爵与赵志皋、张位极力请求追回前诏，皇帝不听从。不久进谏者更多，而岳元声、顾允成、张纳陛、陈泰来、于孔兼、李启美、曾凤仪、钟化民、项德祯等人在朝房拦住王锡爵，当面争论。李腾芳也写信给王锡爵。王锡爵请求下廷议，皇帝不许。请求当面应对，没有答复。于是自我弹劾三处失误，请求罢免斥退。皇帝也被公论所迫，追回前命，令稍等两三年再议行。王锡爵随即请求尽快决定，并说：“先前长子初生，已经颁发诏书大赦，诏书称‘祗承宗社’，分明是以皇太子对待他了。如今还有什么疑虑而不决断呢？”没有答复。

七月，彗星出现，皇帝下诏修身反省。王锡爵于是请求延见大臣。又说：“彗星逐渐靠近紫微星，应当谨慎起居的节奏，减轻左右的刑罚，减少嗜好欲望以防疾病，散发积聚的财物以广施恩惠。”过了一个月，又说：“彗星已进入紫微星，不是仅仅用人行政所能消除的，只有立太子一事可以禳除。因为天王星象是帝星，太子星象是前星。现在前星已闪耀却不早定，所以导致这场灾祸。如果赶快实行册立，天变自然消失。”皇帝都回复知道了，但仍坚持年初等待日期的说法。王锡爵又上奏极力进言，又连续上章恳求。十一月，皇太后生日，皇帝御门接受朝贺完毕后，单独召见王锡爵在暖阁，慰问他说：“爱卿带着母亲来京城，真是忠孝两全。”王锡爵叩头感谢，于是极力请求早定太子。皇帝说：“中宫有儿子，怎么办？”回答说：“这种说法在十年前还可以，现在长子已十三岁，还等什么？况且自古至今，哪有子弟十三岁还不读书的？”皇帝很感动。王锡爵于是请求频繁召见应对，保养圣体。退下后又上疏极力请求，并且说：“外廷把固宠的阴谋归到皇贵妃身上，恐怕郑氏整个家族不得安宁。希望陛下深思。”皇帝得到奏疏，心里更加动摇，亲笔诏书告诉王锡爵：“爱卿每次上奏必提及皇贵妃，为什么？她多次劝朕，朕因祖训后妃不得干预外事，怎么敢轻易听从。”王锡爵上言：“现在与皇长子形成对比的，只有皇贵妃的儿子，天下不怀疑皇贵妃又怀疑谁？皇贵妃不引为己责又指责谁？祖训说不干预外事，是不干预外廷用人行政的事务。至于册立，是陛下的家事，而皇三子又是皇贵妃的亲子，陛下能不跟皇贵妃商量吗？况且皇贵妃长久侍奉圣体，至亲又贤惠，外廷纷纷议论，无不归怨，臣不忍心听闻。臣是六十岁的老人，全力抵挡天下人的口舌，归功于皇贵妃，陛下还怀疑我。既然如此，那么必须像一群年轻人盛气凌人地攻击皇贵妃，而陛下反而心里痛快吗？”奏疏送入，皇帝点头同意。赵志皋、张位也极力请求。过了几天，就有了出阁的命令。但皇帝下令广泛采购珠玉珍宝，供出阁礼仪所用，估计价值三十多万。户部尚书杨俊民等根据旧例争执，给事中王德完等又极力劝谏。皇帝于是亲笔诏书告诉王锡爵，想要改期。王锡爵婉言请求，才没有改期。次年二月，出阁礼仪完成，全部按照东宫礼仪，朝廷内外感到安慰。

王锡爵在内阁时，曾请求停止江南织造，停止江西陶器，减少云南贡金，拿出内库钱财赈济河南饥荒，皇帝都没有违逆，恩宠礼遇超过前后各位辅臣。他救李沂，力争不应该用廷杖，尤为世人所称赞。只是因为迎合并封的旨意受到非议。不久郎中赵南星被贬斥，侍郎赵用贤被放逐，论救的人都被贬谪，众人指责是王锡爵做的。虽然连续上章自我辩白，并且申辩救助，人们始终不能谅解。王锡爵于是多次上疏称病请求退休。皇帝不想让他离开，为他拿出内库钱财建醮祈祷病愈。王锡爵极力推辞，上疏八次才允许。先前累加太子太保，到这时命令改任吏部尚书，进建极殿，赐给路费，乘驿车，行人护送回乡。回乡七年后，东宫建立，派官赐敕慰问，赏赐银币羊酒。

三十五年，廷推阁臣。皇帝已用了于慎行、叶向高、李廷机，还念及王锡爵，特加少保，派官召他。三次推辞，不允许。当时言官正厉行锋锐之气，王锡爵进密揭极力诋毁，其中有“皇上对章奏一概留中，特别鄙夷它像禽鸟的声音”等话。言官听说后非常愤怒。给事中段然首先弹劾他，他的同官胡嘉栋等不断论奏。王锡爵也自己闭门养重，最终推辞不赴任。又过了三年，死在家里，享年七十七岁。赠太保，谥文肃。

他的儿子王衡，字辰玉，年轻时就有文名。是举首之才，自称因被论，于是不再参加会试。到二十九年，王锡爵罢相已久，才开始考中会试第二人，廷试也是第二。授编修，先于父亲去世。

王锡爵的弟弟王鼎爵，进士。累官河南提学副使。

沈一贯，字肩吾，鄞县人。隆庆二年进士。选庶吉士，授检讨，充日讲官。进讲高宗谅阴，拱手说：“托孤寄命，必须忠贞不二心的大臣，才可使百官总己而听。如果不是这样的人，不如亲自听览为孝。”张居正认为在讽刺自己，很怨恨沈一贯。张居正死后，才升左中允。历任吏部左侍郎兼侍读学士，加太子宾客。请假回乡。

二十二年起用南京礼部尚书，又召为正史副总裁，协理詹事府，未上任。王锡爵、赵志皋、张位同居内阁，又有旨推举阁臣。吏部举旧辅王家屏及沈一贯等七人名单上奏。而皇帝正恼怒王家屏，责骂尚书陈有年。陈有年称病离职。沈一贯在家久居，所以有清望，阁臣又极力推荐他。于是下诏以尚书兼东阁大学士，与陈于陛一同入阁参与机务，命行人从家起用。

适逢朝议允许日本封贡。沈一贯顾虑贡道出宁波，成为家乡郡的祸患，极力陈述其害，封贡的议论才停止。不久，王锡爵离去，陈于陛位列第三，常独行己意。沈一贯柔顺而内心深沉，事奉赵志皋等惟谨。其后陈于陛死于任上，赵志皋病痹久在告假，张位因荐杨镐及《忧危竑议》事得罪离去，沈一贯与张位曾私致信给杨镐，被赞画主事丁应泰弹劾。张位上疏辩白，激怒皇帝被罢免。沈一贯只引咎自责，皇帝于是安慰留用他。

当时国本未定，廷臣争论十余年不决。皇长子十八岁，诸请册立冠婚的更加紧迫。皇帝责令户部进银二千四百万，作为册立、分封诸典礼费用来困窘他们。沈一贯两次上疏争执，不听。二十八年，命营建慈庆宫给皇长子居住。工程完工，告诉沈一贯草拟敕书传示礼官，上册立、冠婚及诸王分封礼仪。敕书已上呈，皇帝又留下不发布。沈一贯上疏催促，就说：“朕因小臣谢廷讃乘机邀功，所以中止。等皇长子移居后施行。”过后不举行。次年，贵妃弟郑国泰迫于群议，请册立、冠婚并行。沈一贯于是再次草拟敕书请下礼官具仪，没有答复。廷议有想先冠婚后册立的，沈一贯不同意，说：“不正名而苟成事，是降低储君为诸王。”适逢皇帝意也颇醒悟，命即日举行。九月十八日晚上二更，诏书下达。既而皇帝又后悔，令改期。沈一贯封还诏书，说“万死不敢奉诏”，皇帝才停止。十月十五日，册立礼成，时论很称赞他。适逢赵志皋于九月死，沈一贯于是当国。当初，赵志皋病久，沈一贯屡请增阁臣。到这时才简用沈鲤、朱赓，而事皆取决于沈一贯。不久进太子太保、户部尚书、武英殿大学士。

自沈一贯入内阁，朝政已大非。数年之间，矿税使四出为民害。他们所诬劾逮捕关押的，全部滞留在狱中。吏部上疏请求起用建言废黜诸臣，并考选科道官，长久压制不批复，朝廷内外多归望于阁臣。沈一贯等多次劝谏，不醒悟。而皇帝长久不视朝，阁臣屡次请求，都不答复。沈一贯初辅政面恩，只见帝一次而已。东征及杨应龙平定，皇帝两次御午门楼受俘。沈一贯请求陪侍，赐面对，都不允许。上下隔阂很深，沈一贯虽稍有补救匡正，大都依违其间，声望渐减。

到三十年二月，皇太子婚礼刚成，皇帝忽然有病。急召诸大臣到仁德门，不久独命沈一贯入启祥宫后殿暖西阁。皇后、贵妃因病不侍侧，皇太后南面立稍北，皇帝稍东，冠服席地坐，也南面，太子、诸王跪于前。沈一贯叩头起居完毕，皇帝说：“先生上前。朕病日渐重了，享国已久，何憾。佳儿佳妇付与先生，只辅佐他为贤君。矿税事，朕因殿工未竣，权宜采取，现在可与江南织造、江西陶器都停止不行，所遣内监都令还京。法司释放久系罪囚，建言得罪诸臣都复其官，给事中、御史即如所请补用。朕见先生只这些了。”说完就卧倒。沈一贯哭，太后、太子、诸王都哭。沈一贯又奏：“现在尚书求去者三人，请定去留。”皇帝留户部陈渠、兵部田乐，而以祖陵冲决，削工部杨一魁籍。沈一贯又叩首，出拟旨以进。当晚，阁臣九卿都值宿朝房。漏三鼓，中使捧谕到，完全如皇帝告诉沈一贯的话。诸大臣都喜。次日，皇帝病好转，后悔了。中使二十人到阁中取前谕，说矿税不可罢，释囚、录直臣唯卿所裁。沈一贯想不给，中使就磕头几乎流血，沈一贯惶遽缴入。当时吏部尚书李戴、左都御史温纯期即日奉行，颁示天下，刑部尚书萧大亨则说弛狱须再请。不久，事变。太仆卿南企仲弹劾李戴、萧大亨不立即奉帝谕，起废释囚。皇帝怒，并二事搁置不行。当皇帝想追还成命，司礼太监田义力争。皇帝怒，想亲手杀他。田义言更力，而中使已持沈一贯所缴前谕到。后来田义见沈一贯唾弃说：“相公稍坚持，矿税就撤了，何怯也！”从此大臣言官上疏请求的每天相继，都不再听从。矿税之害，于是终神宗世。

皇帝自病愈以后，政事更加废弛。税监王朝、梁永、高淮等所到之处横暴，奸人乘机虐民的更多。沈一贯与沈鲤、朱赓共同著论以讽谏，又曾因事屡次争执，且揭陈用人行政诸事。皇帝不醒悟。但待沈一贯厚，曾特赐敕奖之。沈一贯素忌沈鲤，沈鲤也自以讲筵受主眷，非由沈一贯进，不为之下，二人渐不相合。礼部侍郎郭正域以文章气节著称，沈鲤很器重他。都御史温纯、吏部侍郎杨时乔都以清严自持相标榜，沈一贯不喜他们。适逢郭正域议夺吕本谥，沈一贯、朱赓与吕本同乡，搁置其议。从此更加厌恶郭正域，并恶沈鲤及温纯、杨时乔等，而党论渐兴。浙人与公论相违，从沈一贯开始。

三十一年，楚府镇国将军华勣揭发楚王华奎是假王。沈一贯接受楚王重贿，令通政司扣留其疏月余，先上华奎弹劾华勣欺罔四罪疏。郭正域，楚人，很听说假王事有根据，请求行勘虚实以定罪案。沈一贯坚持。郭正域以楚王馈遗书上，皇帝不醒悟。及抚按臣会勘并廷臣集议疏入，沈一贯力右楚王，唆使给事中钱梦皋、杨应文弹劾郭正域，勒令回乡听勘，华勣等都得罪。郭正域刚登舟，未行，而“妖书”事起。沈一贯正衔恨郭正域与沈鲤，其党康丕扬、钱梦皋等就逮捕僧达观、医生沈令誉等下狱，穷治之。沈一贯从中主其事，令锦衣帅王之祯与康丕扬大搜沈鲤私第三日，发兵围郭正域舟，执掠其婢仆乳母，都无所得。于是以皦生光结案。二事错见郭正域及楚王传中。

起初，都御史温纯弹劾御史于永清及给事中姚文蔚，言语稍涉沈一贯。给事中钟兆斗为沈一贯论温纯，御史汤兆京又弹劾钟兆斗而直温纯。温纯十七疏求去，沈一贯佯装揭帖留温纯。至乙巳年，大察京朝官。温纯与杨时乔主其事，钱梦皋、钟兆斗都在黜退中。沈一贯怒，对皇帝说，以京察疏留中。久之，才尽留给事、御史之被察者，且许温纯致仕去。于是主事刘元珍、庞时雍、南京御史朱吾弼力争之，说二百余年计典无特留者。当时南察疏也留中，后迫众议才下发。沈一贯从此积不为公论所与，弹劾日众，因谢病不出。三十四年七月，给事中陈嘉训、御史孙居相又连章弹劾其奸。沈一贯愤，更加求去。皇帝为黜陈嘉训，夺孙居相俸，允沈一贯归，沈鲤也同时罢。而沈一贯独得温旨，虽朱赓右之，议论者更诋其有内援焉。

沈一贯入阁，是王锡爵、赵志皋推荐的。他辅政十三年，当权四年。他抗拒舆论，喜好与自己相同的人，厌恶与自己不同的人，这一点与前后的各位大臣一样。至于楚宗、妖书、京察三件事，他独独触犯众怒，评论者认为他丑恶，即使他的同党也不能为他开脱。沈一贯回乡后，进谏的人不停地追劾他，他的同乡也大多受到世人的诋毁。沈一贯在位时，接连加官至少傅兼太子太傅、吏部尚书、建极殿大学士。他在家闲居十年后去世。追赠太傅，谥号文恭。

方从哲，字中涵，他的祖先是德清人。隶属锦衣卫籍，家住京师。方从哲考中万历十一年进士，授官庶吉士，多次升迁至国子祭酒。他请假回家闲居，很久不出来做官，当时人很称赞他的恬淡高雅。大学士叶向高奏请任用他为礼部右侍郎，朝廷未批复。内廷降旨起用他为吏部左侍郎。他被给事中李成名弹劾，请求罢职，未获允许。

万历四十一年，他被任命为礼部尚书兼东阁大学士，与吴道南一同受命。当时吴道南在籍，叶向高为首辅，政事多由叶向高决断。叶向高离朝后，方从哲便独自担任宰相。他奏请召回原辅臣沈鲤，未获批准。御史钱春弹劾他迎合取悦，方从哲请求罢职。皇帝下旨好言安慰挽留。不久，吴道南到任。恰逢张差梃击案发生，刑部以疯癫了结此案。王之寀查得实情，庞保、刘成等人的踪迹才暴露。方从哲与吴道南一起斥责王之寀的话荒谬狂妄，皇帝采纳了他们的意见。吴道南被言路攻击，请求离职长达一年，后因母丧回家。方从哲再次独自担任宰相，立即上疏请求推补阁臣。此后每月必定奏请。皇帝认为一人足以办事，最终没有增补。

方从哲性格柔弱怯懦，不能担当大事。当时东宫已经很久停止讲学，瑞王的婚礼超过期限，惠王、桂王没有选定配偶，福王府的庄田派宦官催督赋税，又商议命令卖盐，内廷降旨命吕贵监督织造，驸马王昺因营救刘光复被剥夺官服，山东盗贼兴起，灾异多次出现，言官翟凤翀、郭尚宾因直言被贬官，皇帝派宦官命令工部侍郎林如楚修缮咸安营，宣府缺饷几个月，方从哲都上疏极力进言，皇帝大多不听。而方从哲有内廷援助，只是名义上争论，实际是顺承皇帝意旨，没有匡正补救。

叶向高执政时，党争激烈。言路与吏部勾结，指清流为东林，将他们驱逐殆尽。到方从哲执政时，言路已经没有正人君子，党争逐渐平息。丁巳年京察，全部排斥东林党人，并且涉及居家者。齐、楚、浙三党鼎立，专门攻击清流。齐人亓诗教，是方从哲的门生，势力尤其嚣张。方从哲亲近众多小人，而皇帝怠惰荒废也更加严重。京畿、山东、山西、河南、江西及大江南北相继报告灾情，奏疏都不批复。旧制，给事中五十多人，御史一百多人。到这时六科只有四人，而五科官印无所归属；十三道只有五人，一人兼任数职。在外巡按御史大多不能替换。六部堂上官只有四五人，都御史衙门空置数年，督抚监司也多次空缺不补。文武大选、急选官及四方教职，积压数千人，因吏、兵二科缺掌印官不能签发凭证，长久滞留在京师，时常攀住执政的车子哀诉。诏狱囚犯因审理官员缺人不判决遣送，家属聚集在长安门号哭。职务全部废弛，上下离心。

万历四十六年四月，大清兵攻克抚顺，朝野震惊。皇帝起初颇为忧虑恐惧，章奏时时批复，但不到几个月又松懈如故。方从哲的儿子方世鸿杀人，巡城御史弹劾他。方从哲请求罢职，未获批准。长星出现在东南方，长二丈，宽一尺多，十九天后消失。当天京师地震。方从哲说：“妖异景象怪诞征兆，层层出现，除臣任职无状痛自反省外，希望陛下大振乾纲，与天下更新。”朝臣们纷纷嘲笑他。皇帝也不省悟。御史熊化因时事多艰、辅佐无效弹劾方从哲，请求用灾异策免他。方从哲恳求罢职，坚决在家卧病四十多天，内阁空无一人。皇帝再三安慰挽留，他才出来理事。第二年二月，杨镐四路出兵，兵科给事中赵兴邦用红旗督战，军队大败。礼部主事夏嘉遇说辽东战事的败坏，是由赵兴邦及方从哲庇护李维翰所致，两次上疏弹劾他们。方从哲请求罢职，不敢入内阁，在朝房处理公务。皇帝下旨恳切挽留，于是恢复原状，反而提升赵兴邦为太常少卿。不久，大清兵接连攻克开原、铁岭。廷臣在文华门拜呈奏疏，立即请求批发，又在思善门等候圣旨，都没有批复。方从哲于是在仁德门叩头跪着等候圣旨，皇帝最终没有批复。不久他请求皇帝出御文华殿，召见群臣，当面商议战守方略。也没有批复。他上疏请求补阁臣十次，情辞极为哀切，才命廷臣推举。等到推举上来，又不任用。方从哲又接连奏请，才选用史继偕、沈纮，奏疏仍然留在宫中，直到皇帝去世都未下发。御史张新诏弹劾方从哲所有奏疏揭帖，委罪群臣，诳言欺人，祖宗二百年江山坏在方从哲手中。御史萧毅中、刘蔚、周方鉴、杨春茂、王尊德、左光斗，山西参政徐如翰也接连上章攻击他。方从哲接连上疏为自己辩白，并且请求罢职。皇帝都不追问。自从刘光复被关进监狱，方从哲上疏营救数十次。皇帝特意释放他为平民，但用人行政的各种章奏最终没有下发。皇帝生病数月。恰逢皇后去世，方从哲哭吊完毕，请求到御榻前问安。皇帝在弘德殿召见他，他跪着谈了很长时间，于是请求补阁臣，任用大臣，下发台谏的任命。皇帝答应了，他才叩头退出。皇帝素来厌恶言官，此前考选授官的，大都等候任命二三年，到这时等候八年。方从哲请求到数十次，最终没有下发。皇帝自认为海内承平，官员不必齐备，有意裁减。到辽东战事兴起，又不愿矫正以前的过失，照旧行事。方从哲独自执掌国政，最终没有匡救。又任用姚宗文巡视辽东，倾轧经略熊廷弼使之离去，辽阳于是失陷。评论者说明朝的灭亡，神宗实为奠基，而方从哲是罪魁祸首。

万历四十八年七月初一丙子日，皇帝身体不适，十七日病危。外廷忧惧，方从哲与九卿台谏到思善门问安。过了两天，皇帝召见方从哲及尚书周嘉谟、李汝华、黄嘉善、黄克缵等接受顾命。又过两天，皇帝驾崩。八月初一丙午日，光宗即位。郑贵妃因以前福王的缘故，害怕皇帝记恨，进献珠玉及侍姬八人引诱皇帝。选侍李氏最得皇帝宠爱，贵妃于是请求立选侍为皇后，选侍也为贵妃请求封太后。皇帝已在乙卯日得病，丁巳日强撑病体御门，命方从哲封贵妃为皇太后，方从哲立即以此命令礼部。侍郎孙如游极力反对，事情才停止。辛酉日，皇帝不视朝，方从哲与廷臣到宫门问安。当时京城纷纷传言宦官崔文升进献泄药，皇帝因此委顿，而皇帝传谕有“头目眩晕，身体软弱，不能动履”的话，群情更加疑虑惊骇。给事中杨涟弹劾崔文升，并涉及方从哲。刑部主事孙朝肃、徐仪世、御史郑宗周都上书方从哲，请求保护圣体，速立太子。方从哲问安时，趁机说进药应当谨慎。皇帝褒奖答复他。戊辰日，新阁臣刘一燝、韩爌入值，皇帝病已危重。辛未日，召见方从哲、刘一燝、韩爌，英国公张惟贤，吏部尚书周嘉谟，户部尚书李汝华，礼部侍郎署理部事孙如游，刑部尚书黄克缵，左都御史张问达，给事中范济世、杨涟，御史顾慥等到乾清宫。皇帝在东暖阁靠着案几，皇长子、皇五子等都侍立。皇帝命诸臣上前，方从哲等因而请求慎重医药。皇帝说：“十多天不进了。”于是下谕册封选侍为皇贵妃。甲戌日，又召见诸臣，谕示册封事。方从哲等请求速立太子。皇帝看着皇长子说：“你们辅助他成为尧、舜。”又说到寿宫，方从哲等以先帝陵墓回答。皇帝自己指着说：“朕的寿宫。”诸臣都哭泣。皇帝又问：“有鸿胪寺官进药的在哪里？”方从哲说：“鸿胪寺丞李可灼自称有仙方，臣等不敢轻信。”皇帝命宣李可灼到，催促他调和药剂进上，就是所谓的红丸。皇帝服后，连称“忠臣”。诸臣出来在宫门外等候。不久，中使传报皇上身体平善。下午，李可灼出来，说又进了一丸。方从哲等问情况，他说：“平善如前。”第二天九月初一乙亥日卯时，皇帝驾崩。朝廷内外都很痛恨李可灼，而方从哲拟写遗旨赏赐李可灼银币。当时李选侍居住在乾清宫，群臣入宫哭吊，众宦官关闭宫门不许进入。刘一燝、杨涟极力阻止他们，得以按礼哭吊，并拥戴皇长子出宫居住慈庆宫。方从哲只是应付而已。起初，郑贵妃居住在乾清宫侍奉神宗疾病，光宗即位后仍未迁出。尚书周嘉谟责备郑贵妃侄子郑养性，于是迁到慈宁宫。到光宗驾崩，李选侍住在乾清宫。给事中杨涟及御史左光斗考虑到李选侍曾求封皇后，不可让她居住在乾清宫，将幼主托付给她。于是商议移宫，争执数日不决。方从哲想慢慢处理。到登基前一天，刘一燝、韩爌邀请方从哲立在宫门请求，李选侍才移居哕鸾宫。第二天庚辰日，熹宗即位。

在这之前，御史王安舜弹劾方从哲轻率推荐狂医，又赏赐他以自掩。方从哲拟写太子令旨，罚李可灼俸禄一年。御史郑宗周弹劾崔文升之罪，请求交付法司，方从哲拟写令旨让司礼监查究处理。到御史郭如楚、冯三元、焦源溥，给事中魏应嘉，太常卿曹珖，光禄少卿高攀龙，主事吕维祺，先后上疏说：“李可灼罪不容诛，方从哲庇护他，国法何在！”而给事中惠世扬直接弹劾方从哲十条罪状、三条可杀。说：“方从哲独自为相七年，妨害贤能，病国殃民，罪一。骄横无礼，失误哭临，罪二。梃击东宫，庇护奸党，罪三。恣意妄为，破坏王言，罪四。纵子杀人，蔑视宪典，罪五。阻抑言官，蔽塞耳目，罪六。陷城失律，宽免抚臣，罪七。马上催战，全军覆没，罪八。徇私欺君，鼎铉蒙羞，罪九。代营榷税，蠹国殃民，罪十。贵妃求封皇后，举朝力争，方从哲依违两可，当杀一。李选侍是郑氏私人，对抗欺凌圣母，使其饮恨而亡。方从哲接受刘逊、李进忠所盗美珠，想要封选侍为贵妃，又听任她久据乾清宫，当杀二。崔文升用泄药损伤先帝，诸臣论劾，方从哲拟为其脱罪，李可灼进劫药，方从哲拟赏赐，当杀三。”奏疏呈入，皇帝责惠世扬轻率诋毁。方从哲多次请求离职，都获慰留。不久张泼、袁化中、王允成等接连弹劾他，都不听。这年冬天，给事中程注又弹劾他，方从哲极力请求离职，上疏六次。皇帝命进升他为中极殿大学士，赏赐银币、蟒衣，派行人护送回乡。

天启二年四月，礼部尚书孙慎行追论李可灼进献红丸一事，指责方从哲是弑君叛逆。皇帝下诏让朝廷大臣商议。都御史邹元标支持孙慎行的奏疏。方从哲上疏辩解，自请削去官阶，流放四方边远之地。皇帝安慰并挽留他。给事中魏大中因为九卿的议论拖延很久，催促他们上奏。廷臣大多支持孙慎行，认为方从哲有罪，只有刑部尚书黄克缵、御史王志道、徐景濂、给事中汪庆百偏袒方从哲，而詹事公鼐持中立态度。当时大学士韩爌叙述进药经过，为方从哲开脱。于是吏部尚书张问达会同户部尚书汪应蛟联合上奏说：“进药经过，臣等都知道并亲眼所见。辅臣看望先皇疾病时，情况急迫仓促，弑君叛逆二字如何忍心说出口。但李可灼并非医官，也不是懂脉懂医的人。他用药尝试，先帝随即驾崩。方从哲与臣等九卿未能阻止，都有罪过，却反而赏赐李可灼。等到御史安舜进言，只让李可灼养病离职，处罚太轻，凭什么告慰先皇、取信于中外？应当依照方从哲的请求，削去他的官阶，为法度承担责任。至于李可灼的罪过，处死也不足以抵偿，而文升在先帝哀感伤寒时，进献大黄凉药，罪过又在李可灼之上。依法都应公开处决，以泄公愤。”奏议上报后，李可灼被发配戍边，文升被放逐南京，而方从哲未被治罪。不久，孙慎行称病离职。天启五年，魏忠贤收集“梃击”、“红丸”、“移宫”三事编成《三朝要典》，用来倾轧正人君子，于是免去李可灼的戍刑，命文升督管漕运。他的党羽徐大化请求起用方从哲，方从哲不出山。然而当时请求诛杀方从哲的人几乎被贬斥杀尽。崇祯元年二月，方从哲去世。追赠太傅，谥号文端。三月，将文升下狱，发配戍守南京。

沈纮，字铭缜，乌程人。父亲沈节甫，字以安。嘉靖三十八年进士。授官礼部仪制主事，历任祠祭郎中。皇帝下诏在宫内建祠，命道士祈祷，沈节甫坚持认为不可。尚书高拱非常恼怒，于是沈节甫称病辞官归乡。后起用为光禄丞。正值高拱掌管吏部，沈节甫又称病避开他。万历时，多次升迁至南京刑部右侍郎。召入为工部左侍郎，代理部事。御史高举说沈节甫一向负有难以进取的节操，不应一年内三次升迁。吏部认为沈节甫有声望，驳回了高举的议论。沈节甫接连上疏请求节省浮费，核实虚冒，停止工程，减少江浙织造，停烧江西瓷器，皇帝因此稍微减少织造数量。宦官传旨奉行，沈节甫坚持认为不可，并且上疏进言。又曾进献治河之策，言语切实可用。因父丧归家，去世。追赠右副都御史。天启初年，沈纮正被重用，得以赐谥号端清。

沈纮与弟弟沈演同中万历二年进士。沈纮改选庶吉士，授官检讨。累官至南京礼部侍郎，掌管部事。西洋人利玛窦入贡，因而居住在南京，与他的门徒王丰肃等倡导天主教，士大夫大多尊崇他们。沈纮上奏说：“陪都都会之地，不应让异教居住于此。”有识之士认为他的话正确。然而沈纮一向缺乏当时声誉。他与大学士方从哲同乡，关系友好。神宗末年，方从哲独自执政，请求补充内阁大臣，皇帝下诏会推。亓诗教等迎合方从哲之意，排挤何宗彦、刘一燝等人，只将沈纮及史继偕的名字上报。皇帝于是任用他们。有人说这是由方从哲推荐的。奏疏未下发，次年，神宗驾崩，光宗即位，于是召沈纮为礼部尚书兼东阁大学士。尚未到任，光宗又驾崩。天启元年六月，沈纮才到京。

按旧例，词臣教习内书堂，所教的内监行弟子礼。李进忠、刘朝都是沈纮的弟子。李进忠，是魏忠贤开始的名字。沈纮到京后，秘密结交二人，于是上奏说：“辽东战事紧急，臣谨在东阳、义乌各县及扬州、纮安招募材官勇士二百余人，请将勇士隶属锦衣卫，并酌情授给材官官职。”李进忠、刘朝正举行内操，得到沈纮上奏后大喜。皇帝下诏让锦衣官训练招募的士兵，授给材官王应斗等游击以下官职不等。沈纮又上奏说后来招募的士兵又有二百余人，请求发放给辽东、四川军前。皇帝下诏同意。不久加封太子太保，进文渊阁，再进少保兼太子太保、户部尚书、武英殿大学士。

宫中内操日益兴盛，驸马都尉王昺也奉诏募兵，希望由帷幄重臣主持此事。廷臣都说沈纮与刘朝暗中勾结，于是给事中惠世扬、周朝瑞等弹劾沈纮表面假托募兵，暗中借以勾结内廷。刘朝的内操，沈纮派门客引诱他。王昺的奏疏，疑心出于沈纮教唆。太监、外戚、奸相内外弄兵，长安一片土地，变成战场了。沈纮上疏辩解，于是请病求罢。皇帝安慰挽留他。惠世扬等于是全部揭发沈纮勾结内廷的情况，刑部尚书王纪再次上疏弹劾沈纮，将他比作蔡京。沈纮也弹劾王纪保护熊廷弼、佟卜年、刘一巘等人。皇帝下诏两下调解。不久，王纪因佟卜年案被削籍，议论者更加侧目沈纮。大学士叶向高说：“王纪、沈纮互相攻击，均有失大臣体统。如今因审案贬斥王纪，公论怎么办？”朱国祚甚至以去就力争，皇帝都不听。沈纮心中不安，于是极力请求离职。命他乘驿车归乡。过了一年去世。追赠太保，谥号文字。

沈纮之弟沈演，由工部主事历任南京刑部尚书。

赞曰：神宗之朝，于时为安逸，于象为蛊惑。申时行诸人有安逸之凶，而无救弊之谋。对外畏惧清议，对内固结恩宠，阿谀自守，掩饰求名，辅弼和谐无所闻，循默避事。《书》说“股肱懈怠啊，万事败坏啊”，这正是孔子所以感叹“哪里用得着那些辅相”的原因。